Dopo l’ordinazione viene nominato vicario interparrocchiale di Casaletto Vaprio, Cremosano e Quintano, dove rimane fino al 1975, anno in cui all’interno di un progetto di rilancio della pastorale giovanile a livello diocesano, si trasferisce al Centro giovanile S. Luigi di Crema, dove con altri giovani preti dà vita ad una fraternità sacerdotale. In questi anni inizia anche ad insegnare religione nella scuola media superiore: prima al ginnasio “Racchetti” e poi, per diversi anni fino al 2000, al liceo scientifico statale “Da Vinci”.
Mons. Manziana, che di don Franco ha grande stima, lo nomina nel 1976 contemporaneamente assistente diocesano del settore giovani dell’Azione Cattolica e promotore-animatore di un gruppo di studenti cristiani della scuola media superiore che deciderà di chiamarsi “Gruppo Ricerca”. Momenti significativi del suo ministero tra i giovani di AC e del Gruppo Ricerca sono i campiscuola (invernali e soprattutto estivi) ad Avolasio. Carico di entusiasmo e di passione è il suo ministero tra i giovani, in molti dei quali lascia un segno profondo, nel senso di una fede più autentica, consapevole, vissuta e testimoniata nei vari ambiti dell’esistenza. Si tratta di un periodo particolarmente fecondo e gratificante del suo ministero.
In questi anni frequenta la Facoltà teologica di Milano, seguendo in particolare i corsi di don Moioli e di don Serenthà, e tra il 1981 e il 1982 frequenta a Roma la Pontificia università Gregoriana, conseguendo la licenza in teologia (teologia spirituale). I temi che approfondisce sono quelli della spiritualità cristiana e del ruolo del laico nella chiesa. Dal 1982 assume l’incarico, oltre che di assistente del settore giovani, anche di assistente unitario dell’AC. In questi anni trasferisce la propria residenza in via Goldaniga 2, presso la sede diocesana dell’associazione.
Nel 1985 è nominato da mons. Libero Tresoldi padre spirituale del Seminario. Lascia l’incarico di assistente dei giovani di AC ma mantiene quello di assistente unitario. Nonostante l’approdo in Seminario fosse stato preparato da anni, esso si rivela per don Franco particolarmente faticoso portandolo ad una fase di depressione psicologica che lo costringe nel 1988 a lasciare l’incarico. Compie un percorso di “guarigione” presso i Padri Venturini di Trento allacciando un rapporto molto forte con padre Franco Fornari, col quale rimarrà poi sempre in contatto.
Nell’ottobre 1991 chiede e ottiene di diventare parroco di Castelnuovo, quartiere periferico di Crema. Si immerge appieno nell’attività pastorale parrocchiale (lasciando dopo 15 anni l’Azione Cattolica diocesana), con grande dedizione e molta gratificazione ma nello stesso tempo sente che quella dimensione non lo soddisfa pienamente: è alla ricerca di una forma diversa di essere prete (e di fare comunità), meno “solitaria” e “anonima”.
Dopo un percorso di ricerca, nel 2000 matura la scelta della vita monastica presso la fraternità benedettina di Lanuvio (Rm), dove fà il proprio ingresso nel mese di novembre per poi trasferirsi a Firenze, all’interno della medesima comunità. Scopre però abbastanza presto che quell’esperienza non corrisponde a quanto cercava e a meno di 12 mesi dall’ingresso, decide di lasciare la comunità e rientrare in diocesi.
Dall’inizio del 2002 ritorna a Trento presso i Padri Venturini: deve superare la profonda crisi legata al “fallimento” dell’esperienza monastica. Presso la comunità di Trento, dove risiede, presto assume un ruolo di collaborazione nel sostegno dei preti in difficoltà. Di fatto esercita qui il suo ministero e presta una collaborazione con alcune parrocchie della diocesi di Trento. In questo periodo riallaccia i rapporti con alcune famiglie di Crema, provenienti dall’esperienza dei giovani di AC. Si crea un sodalizio teso a sperimentare forme di vita comunitaria e caratterizzato dal metodo dell’ “ascolto di sé”. Il gruppo entra in contatto con l’esperienza ACF di Milano legata a Bruno Volpi. Periodicamente don Franco anima anche le “settimane di condivisione” per giovani presso la cascina Emmaus di Ricengo (Cr). Acquisito un ruolo importante nell’équipe dei Padri Venturini di Trento ed in sintonia con un sentire che viene via via maturando, decide di dare spessore professionale al suo lavoro di supporto in campo psicologico frequentando un corso per counselor a Riva del Garda (2006-2009) e contestualmente progetta e coordina le “settimane sabbatiche” per preti organizzate dalla diocesi di Padova in collaborazione con i Padri Venturini.
Nel 2007 matura la decisione di rientrare nel servizio pastorale in diocesi, anche se a piccoli passi. Nel 2008 accetta dal vescovo mons. Oscar Cantoni il ruolo di collaboratore pastorale nella parrocchia di Vaiano Cremasco (presso la quale si reca ogni 15 giorni) e di consulente del neonato Consultorio famigliare diocesano. Nell’aprile 2009 viene incaricato come direttore dell’Ufficio diocesano della famiglia. In concomitanza con questo incarico ritorna a risiedere a Crema presso il S. Luigi. Prosegue ed incrementa (con una presenza quotidiana e l’animazione di alcuni gruppi) il ruolo di collaboratore pastorale a Vaiano. Come direttore dell’Ufficio diocesano, ristruttura pian piano i vari ambiti della pastorale famigliare, dà vita ad un gruppo di accompagnamento delle persone in situazione “irregolare” dal punto di vista famigliare e all’inizio del 2011 annuncia un’apertura di attenzione ed accoglienza della Chiesa diocesana alle persone omosessuali.
Scrive in questo periodo: “Sono giunto ad un momento bello, più maturo della mia vita: una nuova terra promessa, perché tutto quello che compone la mia persona, potenzialità e limiti, sono più accettati e attivi, formano come un rosone, una ricchezza di colori”. Per un disegno imperscrutabile, muore improvvisamente il 6 aprile 2011, all’età di 62 anni.